Alonso được các đồng đội ở Liverpool cho là một con người kín đáo và thân thiện[66].Anh cưới Nagore Aranburu ngày 11/7/2009 và họ có đứa con đầu lòng vào ngày 11 tháng 3 năm 2008; bé trai tên Jontxu Alonso Aranburu.Alonso đã ở lại Merseyside để chờ đưa bé ra đời, sau đó anh nói: "Có một chút sự tiếc nuối khi phải bỏ lỡ trận đấu với Inter Milan nhưng tôi phải ở cùng gia đình ở những thời điểm như thế này."[67] Tuy nhiên, điều này đã gây nên những mâu thuẫn giữa anh và huấn luyện viên Rafael Benítez[68][69][70] và điều này có nghĩa là ông không gọi anh cho trận đấu quan trọng ở Champions League đến Milan.

Alonso và tiền vệ của Arsenal Mikel Arteta là hàng xóm của nhau từ khi còn nhỏ ở San Sebastián cho tới bây giờ ở Liverpool[71].Alonso đã khuyên Arteta nên chuyển tới Everton sau khi nói anh hạnh phúc thế nào khi sống ở Liverpool[72].Alonso cũng giới thiệu để cựu cầu thủ Real Sociedad Juan Ugarte đến xứ Wales để chơi cho Wrexham vào năm 2004.[73]

Anh trai anh, Mikel Alonso, có một năm đến Bolton Wanderers theo danh cho mượn ở mùa giải 2007-08 với một điều khoản có thể mua đứt[74][75].Tuy nhiên, câu lạc bộ quyết định không kéo dài hợp đồng với anh sau khi mượn và anh đã trở lại Tây Ban Nha để tập luyện cùng câu lạc bộ cũ của Alonso, Real Sociedad[76].Alonso cũng có một người anh khác làm trong bóng đá, Jon, hiện đang là trọng tài.[77]